În timpul domniei lui Petru Rareş Satul Botoşani a devenit târg pentru iarmaroace şi bâlciuri. Domnitorul va dărui acest mic târg soţiei sale Elena Rareş, fata lui Ioan Despotul.
După o domnie glorioasă în anul 1546 Petru Rareş dispare şi în această situaţie Doamna Elena Rareş s-a văzut îndatorată să facă biserici. Astfel pe cheltuiala sa se zidesc în târgul Botoşani primele biserici din piatră şi cărămidă faţă de celelalte care fuseseră zidite până acum din lemn. Doamna avea obiceiul să stea mai mult timp în târgul Botoşani şi în timpul domniei fiului său, Ştefan, ea înalţă pe rând, pentru pomenirea ei şi a soţului, două biserici mari şi frumoase: în anul 1551 întâi biserica „Sfântul Gheorghe" şi după un an în 1552 biserica „Uspenia".
Biserica „Uspenia" era zidită iniţial în stilul bisericilor lui Ştefan cel Mare devenind catedrala oraşului Botoşani.
Se cunoaşte faptul că în anul 1810 un incendiu mare cuprinde o mare parte din oraşul Botoşani. Vor cădea pradă flăcărilor şi biserica „Uspenia" împreună cu casele parohiale şi dughenele care erau în proprietatea ei. Refacerea bisericii s-a dorit să fie făcută imediat dar fondurile nu au putut fi strânse penrtu că între anii 1800 şi 1820, epitropia bisericii a avut la conducere epitropi greci, care se străduiau după incendiu din 1810 să refacă biserica şi veniturile ei. După moarte lui Mihai Şuţu şi înăbuşirea Eteriei din anul 1821, de frica turcilor, râvnitorii epitropi greci părăsesc în grabă Botoşanii luând cu dânşii şi fondurile adunate pentru reparaţia bisericii. O ceată de ostaşi o jefuiesc de toate odoarele de aur şi argint, tăind cu săbiile bucăţi din catapeteasma bisericii pe care o credeau din aur.
În 1921 găsim o placă de marmură pe care sunt consemnate numele regelui Ferdinand I şi a lui Octavian Goga care era ministrul cultelor şi faptul că biserica a fost restaurată exterior. Deşi o altă placă de marmură atestă faptul că la 1819 biserica fusese restaurată interior şi exterior, documente scrise găsim doar la 1829.
Într-un articol din revista „ Mitopolia Moldovei şi Sucevei" din lunile mai - iunie 1965, anul consemnat mai figurează ca an de bază când biserica este restaurată şi se adaugă clopotniţa de la intrare care face corp comun cu biserica şi tot de atunci se reface şi catapeteasma.
Urmând firul cronologic, anul 1850 la 21 ianuarie, este cel care va marca pentru veşnicie botezul pruncului Mihai Eminescu.
Un an consemnat ca moment de ultimă refacere, schimbare şi consolidare a bisericii este anul 1936 când sub mitropolitul Nicodim se va reface acoperişul Bisericii, interiorul şi exteriorul.